Konohagakure ist das älteste Ninjadorf. Es wurde vom Ersten Hokage und Madara Uchiha im Reich des Feuers gegründet. Nach einem Streit und dem daraus entstandenen Kampf im Tal des Schicksals, verließ Madara Konoha und lebte im Exil. Der Zweite Hokage, der jüngere Bruder des Ersten Hokage, baute das Dorf weiter auf und ernannte Hiruzen Sarutobi zum Dritten Hokage, der wiederum nach Ende seiner Dienstzeit den Vierten Hokage auswählte.
Während dessen Regierungszeit wurde das Dorf vom Neunschwänzigen Fuchs Kyūbi angegriffen. Der Vierte Hokage versiegelte mit dem Einsatz seines Lebens den Bijū in Naruto Uzumaki und bannte so die Gefahr. Nach dem Tod des Vierten wurde Sarutobi wieder zum Hokage, bis Konoha von Orochimaru angegriffen wurde. Bei diesem kurzen Krieg, an dem auch Sunagakure beteiligt war, starb Sarutobi, nachdem er Orochimarus Hände versiegelt hatte. Daher wurde ein neuer, Fünfter Hokage gesucht. Tsunade nahm sich dieser ehrenvollen Aufgabe an und wurde so zum ersten weiblichen Hokage. Kurz nach dem Angriff Nagatos auf Konohagakure no Sato fiel Tsunad ein ein Koma und Danzō Shimura wurde der sechste Hokage. Er lebte jedoch nicht lange und wurde getötet. Tsunade erwachte aus ihrem Koma und wurde erneut Hokage. Später, nach Tsunades Tod, übernahm Hatake Kakashi diese Position. Kürzlich dankte er jedoch ab. Konohgakure war eine treibende Kraft des Ninjakrieges und ist durch den Zuzug der Flüchtlinge aus den zerstörten Dörfern Sunagakure und Kumogakure zur größten Macht der Shinobiwelt aufgestiegen.

Konohagakure no Sato beherbergt eine enorme Anzahl an einzigartigen Ninjaclans, die allesamt spezialisiert sind. Der Gründerclan Konohagakures hat bis heute überlebt in Form des Senju-Clans. Der edelste Clan des Dorfes ist der Hyūga-Clan mit seinem berühmten Doujutsu, dem Byakugan. Daneben gibt es noch den Nara-Clan, den Akimichi-Clan, den Yamanaka-Clan, den Aburame-Clan, den Inuzuka-Clan sowie viele andere, nicht hier aufgelistete Clans. Für diese Vielzahl an verschiedenen Clans ist Konohagakure berühmt. Im Krieg mit Iwagakure und Kirigakure starben der Uzumaki-Clan sowie der Sarutobi-Clan aus.

Konohagakure ist das Heim der Flüchtlinge aus Sunagakure und Kumogakure. Trotz der enormen Steigerung an Macht bringt auch das seine Konflikte mit sich da die zahlreichen Clans untereinander auch Reiberein verursachen. Der derzeitige Hokage nutzt die Situation im Dorf daher auch aus, um die Clans untereinander möglichst klein und beschäftigt zu halten.